Seção 1 – Microbiologia

Unidade 1 – Microbiologia: Introdução e conceitos gerais

Bactérias

Archae

Fungos

Algas

Comparativos

Biofilmes

Quorum Sensing

Compostos antimicrobianos

Unidade 2 – Citologia

Células procarióticas x eucarióticas

Morfologias

Gram-positivas e gram negativas

Membrana e parede celular

Citoplasma

Esporulação

Estrutura interna

Teoria endossimbiótica

Unidade 3 – Classificação dos micro-organismos

Taxonomia

Sistema de 3 domínios

Hierarquias

Coloração diferencial

Meios de cultivo seletivos

Sorologia

Testes bioquímicos

Teste molecular

Vírus

Hospedeiros

Príons

Unidade 4 – Controle do crescimento microbiano e níveis de segurança

Definições

Esterilização

Desinfecção

Bacteriostase

Biocida/germicida

Bacteriolíticos

Ações químicas e físicas

Curva de morte

Resistência

Ponto de morte térmica

Tempo de morte térmica

Tempo de redução decimal

Pasteurização

Temperatura, pressão, radiação e não ionizantes.

Método de disco-difusão

Microdiluição em caldo

Níveis de biossegurança

NB1, NB2, NB3, NB4 e NB5

Unidade 5 – Fisiologia Microbiana: metabolismo

Metabolismo

Reações catabólicas

Hidrolíticas

Reações anabólicas

Desidratação

Produção de energia

Autotróficos

Heterotróficos

Fototróficos

Quimiotróficos

Fisiologia microbiana

Fotossíntese

Respiração

Fermentação

Perfil bioquímico

Unidade 6 – Fisiologia Microbiana: fases de crescimento

Fatores para crescimento

Psicrófilos

Mesófilos

Termófilos

pH

pressão osmótica

Bactérias assexuadas

Fungos: assexuada x sexuada

Contagem de células (câmara de Neubauer)

Semeadura de diluição seriada – UFC

Densidade óptica

Tempo de geração

Curva de crescimento

Unidade 7 – Condições de cultivo em laboratório e visualização

Meios de cultura – composição básica

Tipos de meio

Microbiologia diagnóstica: Identificação de patógenos

Meios enriquecidos

Meios diferenciais

Meios redutores

Meios complexos

Como cultivar?

Como visualizar?

Microscópio óptico

Microscópio Confocal

Microscopio Eletrônico de Transmissão e Varredura

Como identificar além do cultivo?

Sorologia e Aglutinação

Reação antígeno-anticorpo

PCR quantitativo x qualitativo

Seção 2 – Genética de micro-organismos

Unidade 8 – Genética de micro-organismos: estrutura, replicação, transcrição e tradução

Estrutura genoma procarioto x eucarioto

Organização dos genes

Plamídeos

Elementos transponíveis

Organização dos genomas

Introns e exons

Splicing alternativo

Replicação

DNA>RNA>Proteinas

Código genético

Unidade 9 – Operons e mecanismos de regulação da expressão gênica

Mecanismos de regulação

Repressão e Indução

Modelos de operon

Regulons

Controle global da expressão gênica

Repressão catabólica

Sensoriamento e transdução de sinal

Controle de transcrição

Unidade 10 -Plasmídeos e mecanismos de transferência de material genético

Transferência horizontal de genes

Recombinação homologa

Transformação Química

Eletroporação

Transdução

Conjugação

Unidade 11 – Clonagem gênica e outras técnicas para manipulação do DNA microbiano

Clonagem molecular

Enzimas de restrição

Vetores

Bacteriófagos

Cromossomos artificiais

Mutagenese sítio dirigida

CRISPR

Material complementar

Questionário

Referências

Seção 2 – Metagenômica

UNIDADE 1 – Definições, componentes do microbioma, fatores que o influenciam e seu papel.

Microbiota

Microbioma

One health

Conceito de separação (simbiontes, comensais, patobiontes, oportunistas)

Hologenome theory of evolution

Interação Microbiomas (Humano x animal x ambiental x químico x alimentar)

Metagenôma

Microbioma

Workflow das técnicas

Vantagens da metagenômica

Distribuição bacteriana no organismo

Genomas não classificados

Fungos

Relações entre microorganismos

Impacto das infecções

Microbiota Comensal

Viroma humano

Influência de fatores externos

Papel da microbiota

Metabólitos bacterianos clinicamente relevantes

Efeitos locais

Equilíbrio da microbiota

Mais…

UNIDADE 2 – Introdução à metagenômica I – abordagens experimentais

Como estudar metagenômica

Impacto da tecnologia nas publicações

Métodos de extração de DNA

Tipos de extração x aplicações (RNA, DNA, etc)

16S (rRNA): bactérias

Primers

ITS: Fungos

Workflow do sequenciamento

Tipos de sequenciamento

Marcador alvo

Shotgun

metatranscriptoma

culturomics

Doenças infecciosas

UNIDADE 3 – Introdução à metagenômica II – controle de qualidade e principais ferramentas para análise.

Processamento de amplicons

Impacto do denoise na classificação

Clusterização

OTU – Unidade taxonômica operacional

ASV//ESV (Amplicon sequence variant / exact sequence variant)

Anotação das OTUs/ ASVs (Nomenclatura e classificação)

Banco de dados (16S/its)

Input/Output

Curva de rarefação/saturação

Diversidade alfa

Diversidade beta

Composição taxonômica

Análise comparativa diferencial

Análise correlação

Metagenome-assembled genomes (MAGs)

Profundidade do sequenciamento

Mais…

UNIDADE 4 – Aplicabilidade e estudos envolvendo metagenômica – Probióticos.

Culturas vivas (probióticos e não probióticos)

Transplante fecal

Principais probióticos utilizados na clínica

Origem dos probióticos

Efeitos dos probióticos no hospedeiro

Probióticos e o câncer

Probióticos e COVID-19

Perspectivas dos probióticos

UNIDADE 5 – Aplicabilidade e estudos envolvendo metagenômica – Prebióticos e Simbióticos.

O que são prebióticos

Estudos clínicos

Ácidos graxos de cadeia pequena

Ações anti-inflamatórias

Prebiótico e atividade anti-tumoral

Melanoma e Caquexia

Imunoterapia

Simbióticos

O futuro do microbioma como forma de tratamento

UNIDADE 6 – Aplicabilidade e estudos envolvendo metagenômica – Microbioma na saúde e na doença.

Fatores que influenciam a microbiota na gravidez

Microbiota x comportamento

Halmarks do câncer

Microbiota do TGI x Tumoral

Bactérias intra-tumorais

Influência do microbioma nos tratamentos

Modulação do microbioma GI

Microbiota x Imunoterapia

Ferramentas e links úteis